心血管疾病的发生和许多外在因子有关，其中包括了饮食、肥胖、吸烟以及压力等，而内在因子例如血液的凝血能力、体内脂质的代谢以及血压的高低和心血管疾病之间亦有密不可分的关系。而大蒜对于预防心血管疾病的发生，则可能和这些内在因子之间有密切的关连性。
1. 对脂质代谢的影响
血液中总脂质、三酸甘油酯、胆固醇以及低密度脂蛋白(LDL) 的浓度和心血管疾病之间成一正比的关系，而血液中高密度脂蛋白 (HDL) 浓度的增高，则对心血管疾病的发生有保护的作用。近年来很多报导指出，不同形式的大蒜制品或萃取物包括生大蒜、大蒜油、大蒜汁以及大蒜粉等，可降低高脂血症病人血液中的总脂质、三酸甘油酯、胆固醇以及LDL的浓度，同时亦可增加血液中HDL浓度，因而进一步的对于心血管疾病的发生有保护的作用。
大蒜除了可以降低血液中脂质的浓度之外，它亦可以降低实验动物之肝脏中三酸甘油酯以及胆固醇的含量，同时亦可减少因摄取高脂肪饮食而造成累积在血管内脂肪的量。对于大蒜降低组织或者血液内脂质的机制虽然不是被了解的很透彻，但一般认为这主要是因为大蒜中的Allicin以及其它的有机硫化合物等成份，抑制了胆固醇在肝脏内的合成、增加了脂质在肠道内的代谢或是促进了胆固醇在血管之清除之故。
2. 对血压的影响
高血压是造成动脉粥状硬化的主要危险因子之一，虽然很多药物对于降低血压有很好的效果，但是大多有副作用。研究指出，每日给予高血压病患大蒜锭剂(Kwai) 12至14周，这些病患不管在舒张压或者在收缩压方面皆有降低的现象。然而，对于大蒜内何种成份具有此作用或者其它的作用机制，目前还不是很清楚。
3. 对凝血的影响
心肌梗塞以及中风的发生和血栓之间有密切的关连性。大部分的急性心肌梗塞的病人体内分解纤维蛋白的活性(Fibrinolytic activity)较低或甚至有缺乏的现象，因而这些病患血液中有较高的纤维蛋白(Fibrinogen)以及较短的凝血时间，而这些皆有助于血栓的形成。在给予正常人或者有心脏病史的病患大蒜或其相关制品后，这些受测者血液内分解纤维蛋白的活性明显的增加，而且他们血液的凝血时间也明显的延长，而且所摄取的剂量越多，影响也越大。除此之外，不管是生的或是煮熟的大蒜皆对凝血有影响。
